Если во время установки не был выбран параметр Web Server Rewrites, то это возможно и необходимо сделать после. Причина в том, что для поисковой оптимизации более приемлем адрес строки содержащий строго необходимую информацию, а «index.php» таковой не является.
В Magento эта оптимизация достигается путем использования параметра Web Server Rewrites. Для его использования в Apache должен быть включен модуль mod_rewrite. Читать далее Убираем index.php из адресной строки Magento